Alternativas de procesos para la búsqueda de casos de tuberculosis bajo condiciones económicas limitadas. Cuba 2022-2025 / Process Alternatives for the Tuberculosis Case Finding under Limited Economic Conditions. Cuba 2022-2025

Ejecutar procesos efectivos de búsqueda de casos de tuberculosis es crucial para acele-rar el paso hacia su eliminación. El empeoramiento de las condiciones económicas mun-diales y nacionales no nos permite aplicar extensivamente las tecnologías rápidas mo-leculares idóneas de diagnóstico. Consideramos sensato entonces aplicar algoritmos alternativos que satisfagan las necesidades nacionales presentes hasta que las condi-ciones permitan la cobertura completa de las tecnologías moleculares recomendadas. Sugerimos introducir la radiografía digital para todos los algoritmos, utilizar mejor la microscopía de fluorescencia LED y la óptica convencional ya probadas. En conclusión, es preciso que este enfoque de trabajo, que procura optimizar la efectividad y eficiencia del programa, se introduzca en la práctica cotidiana hasta que lo idóneo sea permisible

Executing effective tuberculosis case-finding processes is crucial to accelerate the path towards elimination of the disease. The worsening of global and national economic conditions do not allow us to extensively apply rapid molecular diagnostic technolo-gies. We consider it sensible and necessary to apply alternative algorithms that meet the current national needs, until conditions allow full coverage of the recommended molecular technologies. We suggest introducing digital X-rays for all algorithms, bet-ter use of LED fluorescence microscopy and conventional optics already appropriate-ly tested. In conclusion, it is necessary that this approach that seeks to optimize the effectiveness and efficiency of the Cuban program be introduced into daily practice until the ideal is permissible

Identificación de Mycobacteria no pigmenteda de crecimiento rápido por el Método Molecular de Micobacterium de Genotipo CM / Identification of Fast-Growing Non-Pigmented Mycobacteria by the Genotype® Mycobacterium CM Molecular Method

Introducción: la micobacteria no terberculosa (NTM) forma un grupo heterogéneo de microorganismos que pueden causar infección en humanos. Las micobacterias no pigmentadas de rápido crecimiento (MNPCR) son de interés clínico debido al creciente número de pacientes infectados por ellos y a la dificultad del tratamiento. Dentro de este grupo, Mycobacterium fortuitum, Mycobacterium abscessus y Mycobacterium chelonae son reconocidos como patógenos potenciales; estas especies se han aislado de infecciones pulmonares y extrapulmonares. Objetivo: el objetivo de este trabajo es encontrar la frecuencia de aislamiento de especies micobacterianas de rápido crecimiento, específicamente el complejo Mycobacterium fortuitum, de muestras clínicas utilizando la técnica molecular de diagnóstico GenoType Mycobacterium CM. Material y Método: se analizaron 249 aislados de micobacterias no tuberculosas obtenidas de muestras pulmonares y extrapulmonares de pacientes sintomáticos en el período enero 2018-diciembre de 2022. La técnica molecular GenoType Mycobacterium CM se utilizó para identificar la especie. Resultados: Se obtuvieron 77 (3,9%) aislados de especies no pigmentadas de rápido crecimiento, estas se identificaron en orden decreciente: Mycobacterium fortuitum 65 (84,41%), Mycobacterium abcessus 9 (11,68%) y Mycobacterium chelonae 3 (4%). Conclusiones: los resultados reafirman que el complejo Mycobacterium fortuitum es responsable de la mayoría de las infecciones causadas por la micobacteria en rápido crecimiento en humanos. La técnica diagnóstica GenoType Mycobacterium CM es una herramienta útil para la rápida identificación de micobacterias; proporciona resultados precisos en menos tiempo, acortando significativamente el tiempo diagnóstico, permite la aplicación temprana de tratamiento específico, evitando así la propagación de la infección.

Introduction: non-tuberculous mycobacteria (NTM) form a heterogeneous group of mi-croorganisms that can cause infection in humans. Fast-growing non-pigmented my-cobacteria (MNPCR) are of clinical interest due to the increasing number of patients infected by them and the difficulty of treatment. Within this group, Mycobacterium fortuitum, Mycobacterium abscessus and Mycobacterium chelonae are recognized as potential pathogens; these species have been isolated from both pulmonary and ex-trapulmonary infections. Objective: the objective of this work is to find the frequency of isolation of fast-growing non-pigmented mycobacterial species, specifically the Myco-bacterium fortuitum complex, from clinical samples using the GenoType® Mycobacteri-um CM diagnostic molecular technique. Material and Method: 249 isolates of non-tu-berculous mycobacteria obtained from pulmonary and extrapulmonary samples from symptomatic patients in the period January 2018-December 2022 were analyzed. The G e n oTy p e® Mycobacterium CM molecular technique was used to identify the species. Results: 77 (30.9%) isolates of fast-growing non-pigmented species were obtained, these were identified in decreasing order: Mycobacterium fortuitum 65 (84.41%), Myco-bacterium abcessus 9 (11.68%) and Mycobacterium chelonae 3 (4%). Conclusions: the results reaffirm that the Mycobacterium fortuitum complex is responsible for most in-fections caused by fast-growing mycobacteria in humans. The GenoType® Mycobacte-riumCM diagnostic technique is a useful tool for the rapid identification of mycobacte-ria; it provides accurate results in less time, significantly shortening the diagnostic time, it allows the early application of specific treatment, thus avoiding the spread of infec-tion.

Implementación asistencial de estudios genómicos aplicados al diagnóstico molecular / Implementation of genomic studies applied to molecular diagnostics

El Hospital Garrahan ha sido pionero en el diagnóstico molecular de patologías pediátricas en Argentina. Los avances tecnológicos de las últimas décadas en el área de la biología molecular, sentaron las bases para la optimización y ampliación del diagnóstico molecular a partir de la secuenciación masiva en paralelo de múltiples genes. El presente trabajo describe el proceso de implementación de los estudios de secuenciación de nueva generación y el desarrollo de la Unidad de Genómica en un hospital público pediátrico de alta complejidad, así como su impacto en las capacidades diagnósticas de enfermedades poco frecuentes de origen genético. La creación del Grupo Interdisciplinario de Estudios Genómicos constituyó la vía institucional para la toma de decisiones que implican la implementación de nuevos estudios genómicos y el establecimiento de prioridades diagnósticas, extendiendo la disponibilidad del diagnóstico molecular a más disciplinas. La Unidad de Genómica trabaja en diseñar las estrategias que permitan la mayor optimización de los recursos con los que cuenta el hospital, teniendo en cuenta el equipamiento disponible, las prioridades establecidas y la frecuencia de las distintas patologías. Se demuestra el salto significativo operado en nuestras capacidades diagnósticas, tanto en la variedad de enfermedades como en el número de genes analizados, habiendo estudiado a la fecha alrededor de 2.000 pacientes, muchos de los cuales ven de este modo finalizada su odisea diagnóstica. Los estudios de NGS se han convertido en una herramienta de la práctica diaria para la atención de un número importante de pacientes de nuestro hospital. Continuaremos trabajando para ampliar su aplicación a la mayor cantidad de patologías, a través de los mecanismos institucionales ya existentes (AU)

The Garrahan Hospital has been a pioneer in the molecular diagnosis of pediatric diseases in Argentina. The technological advances of the last decades in the area of molecular biology have laid the foundations for the optimization and expansion of molecular diagnostics through massive parallel sequencing of multiple genes. This study describes the process of implementation of next-generation sequencing studies and the development of the Genomics Unit in a public pediatric tertiary hospital, and its impact on the capacity to diagnose rare diseases of genetic origin. The creation of the Interdisciplinary Group of Genomic Studies constituted the institutional pathway for decision-making involving the implementation of new genomic studies and the establishment of diagnostic priorities, extending the availability of molecular diagnostics to additional disciplines. The Genomics Unit is working to design strategies that allow for optimization of the resources available to the hospital, taking into account the equipment available, the priorities established, and the frequency of the different diseases. It demonstrates the significant leap in our diagnostic capabilities, both in the variety of diseases and in the number of genes analyzed. To date, around 2,000 patients have been studies, many of whom have thus completed their diagnostic odyssey. NGS studies have become a tool in daily practice for the care of a significant number of patients in our hospital. We will continue working to expand its application to as many diseases as possible, through the existing institutional mechanisms (AU)

Diagnóstico de precisão das lesões mamárias / Accurate diagnosis of breast lesions

PONTOS-CHAVE As lesões mamárias compreendem uma ampla variedade de diagnósticos que apresentam comportamentos diversos. As lesões mamárias podem ser classificadas como lesões benignas, de potencial de malignidade indeterminado (B3), carcinoma in situ e carcinoma invasor. Na era da medicina personalizada, individualizar e obter um diagnóstico preciso faz grande diferença no desfecho final da paciente, principalmente no caso do câncer de mama. Exames de imagem direcionados e de qualidade, métodos de biópsia adequadamente selecionados e análises de anatomopatologia convencional, imuno-histoquímica e até molecular são determinantes no diagnóstico e no manejo das pacientes.

Dogs naturally infected by Rangelia vitalii, Babesia canis vogeli, and Ehrlichia canis in São Paulo, Brazil / Cães naturalmente infectados por Rangelia vitalii, Babesia canis vogeli, e Ehrlichia canis em São Paulo, Brasil

Several agents can cause hemoparasitic diseases in dogs, and blood-sucking arthropods transmit these diseases. These agents can cause several clinical manifestations and, in some cases, can kill the host. Because these agents are essential in animal health, this study aims to detect the frequency of Ehrlichia canis, Rickettsia rickettsii, Anaplasma platys, and Rangelia vitalii by real-time PCR and Babesia vogeli in dogs in the southern region of the city of São Paulo, São Paulo. Of the 98 dog samples, 18 (18.4%) tested positive with real-time polymerase chain reaction for at least one studied agent. Of these 18 samples, 17 tested positive for a single agent (11.2% for B. canis vogeli, 1.02% for R. vitalii, and 5.1% for E. canis), and one showed co-infection with B. canis vogeli and R. vitalii. The results demonstrate the presence of hemoparasites in the studied animals, which can influence the quality and life expectancy of these animals. The Rangeliadetection warns small animal clinicians to include it as a differential diagnosis for hemoparasitosis.(AU)

As hemoparasitoses em cães podem ser causadas por diversos agentes, sendo essas doenças transmitidas por artrópodes hematófagos. Esses agentes podem causar diversas manifestações clínicas e, em alguns casos, podem matar o hospedeiro. Este estudo teve como objetivo detectar por PCR em tempo real a frequência de Ehrlichia canis, Rickettsia rickettsii, Anaplasma platys, Rangelia vitalii e Babesia canis vogeli em amostras de cães da zona sul da cidade de São Paulo, Brasil. Das 98 amostras de cães, 18 (18,4%) testaram positivo com reação em cadeia da polimerase em tempo real para pelo menos um agente estudado. Destas 18 amostras, 17 testaram positivo para um único agente (11,2% para B. canis vogeli, 1,02% para R. vitalii e 5,1% para E. canis), e uma apresentou coinfecção com B. canis vogeli e R. vitalii. Os resultados demonstram a presença de hemoparasitas nos animais estudados, o que pode influenciar a qualidade e a expectativa de vida desses animais. Além disso, é o primeiro relato da detecção de R. vitalli na zona sul de São Paulo e serve de alerta para os clínicos de pequenos animais incluírem esse agente como diagnóstico diferencial para as hemoparasitoses.(AU)

Etiología de las infecciones de transmisión sexual (ITS) diagnosticadas por la técnica de PCR múltiple-hibridación en población colombiana de la ciudad de Medellín atendida en el Laboratorio Clínico VID / Etiology of sexually transmitted infections (STIs) diagnosed by multiplex PCR-hibridization assay technique in a Colombian population attending the VID Clinical Laboratory in Medellin

Introducción. Las infecciones de transmisión sexual (ITS) son y seguirán siendo un serio problema de salud pública en todo el mundo según los datos de la OMS, con el agravante que la mayoría de los casos son asintomáticos y, además, no existe otro reservorio distinto al humano. El diagnóstico se puede realizar con pruebas tradicionales y moleculares, estas últimas incluyen la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), de las cuales existen varios tipos, entre ellas, la PCR múltiple que tiene la capacidad de detectar ITS polimicrobianas a partir de una sola muestra. El objetivo de este estudio fue establecer cuáles fueron las infecciones de transmisión sexual más frecuentes en diferentes grupos de pacientes, así como determinar la utilidad del uso de la técnica de PCR múltiple en el diagnóstico de las ITS. Metodología. Se trata de un estudio observacional de corte transversal realizado entre los años 2021 y 2022 con pacientes que acudieron al servicio de diagnóstico del Laboratorio Clínico VID por sospecha de ITS. Las muestras recolectadas fueron evaluadas utilizando una prueba comercial basada en la técnica de PCR múltiple e hibridación. Las muestras procesadas fueron: orina e hisopados de endocérvix, uretra, recto, faringe y úlceras. Resultados. Se estudiaron 1.027 pacientes, de estos, 228 (22,2 %) fueron positivos para diferentes agentes de trasmisión sexual, distribuidos así: 50 (21,9 %) mujeres, 129 (56,6 %) hombres heterosexuales y 49 (21,5 %) hombres que tenían sexo con hombres (HSH). La edad promedio de las mujeres fue 30 años, y la de ambos grupos de hombres fue 36 años. Los microorganismos más frecuentemente identificados en mujeres fueron: C. trachomatis (A-K) en 28,6 %, seguido de virus herpes simplex tipo 2 (VHS-2) en 26,8 % y N. gonorrhoeae en 17,9 %. En hombres heterosexuales fueron C. trachomatis (A-K) en 37,5 %, N. gonorrhoeae en 21,5 % y VHS-2 en 18,7 %. En HSH fueron C. trachomatis (L1-L3) en 32,7 %, seguido de N. gonorrhoeae en 27,6 %, y de C. trachomatis (A-K) y VHS-2, ambos en 13,8 %. En 11 hombres heterosexuales, 8 HSH y en 6 mujeres, se identificó infección polimicrobiana. Conclusiones. C. trachomatis (A-K) fue el microorganismo más prevalente causante de ITS, seguido de N. gonorrhoeae en ambos grupos de hombres, y de VHS-2 en las mujeres, muy similar a lo reportado a nivel mundial. La prueba de PCR múltiple permite la detección de infecciones polimicrobianas comúnmente asociadas a ITS y el diagnóstico es preciso y confiable, incluso en pacientes asintomáticos

Sexually transmitted infections (STIs) are and will continue to be a serious public health problem throughout the world according to WHO data, with the aggravating factor that most cases are asymptomatic and, furthermore, there is no other reservoir other than humans. The diagnosis can be made with traditional and molecular tests, the latter include the polymerase chain reaction (PCR), of which there are several types, among them, multiplex PCR that has the capacity to detect polymicrobial STIs from a single sample. The objective of this study was to establish which were the most frequent sexually transmitted infections in different groups of patients, as well as to determine the usefulness of the multiplex PCR technique in the diagnosis of STIs. Methodology. This is an observational, cross-sectional study carried out between 2021 and 2022 with patients who attended the VID Clinical Laboratory for suspected STIs. The collected samples were evaluated using a commercial test based on the multiplex PCR technique and hybridization. The samples processed were: urine and swabs from endocervix, urethra, rectum, pharynx, and ulcers. Results. The study included 1,027 patients, of these, 228 (22.2%) were positive for different sexually transmitted agents, distributed as follows: 50 (21.9%) women, 129 (56.6%) heterosexual men and 49 (21.5%) men who had sex with men (MSM). The average age of the women was 30 years, and that of both groups of men was 36 years. The microorganisms most frequently identified in women were: C. trachomatis (A-K) in 28.6%, followed by herpes simplex virus type 2 (HSV-2) in 26.8% and N. gonorrhoeae in 17.9%. In heterosexual men they were C. trachomatis (A-K) in 37.5%, N. gonorrhoeae in 21.5% and HSV-2 in 18.7%. In MSM they were C. trachomatis (L1-L3) in 32.7%, followed by N. gonorrhoeae in 27.6%, and C. trachomatis (A-K) and HSV-2, both in 13.8%. Polymicrobial infection was identified in 11 heterosexual men, 8 MSM, and 6 women. Conclusions. C. trachomatis (A-K) was the most prevalent STI-causing microorganism, followed by N. gonorrhoeae in both groups of men, and HSV-2 in women, very similar to that reported worldwide. The multiplex PCR test allows the detection of polymicrobial infections commonly associated with STIs and the diagnosis is accurate and reliable, even in asymptomatic patients

Reverse-Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification and alternative protocols for lower cost, large-scale COVID-19 testing: lessons from an emerging economy / Amplificación isotérmica mediada por bucle de transcripción inversa y protocolos alternativos para pruebas COVID-19 a gran escala y de bajo costo: lecciones de una economía emergente

Abstract Introduction: Most successful cases of COVID-19 pandemic mitigation and handling have relied on extensive reverse-transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR). However, many emerging economies have struggled with current molecular testing demands due to economic, technical and technological constraints. Objective: To define a potential diagnostic protocol to increase testing capacity in current and post-pandemic conditions. Methods: We reviewed the literature, patents and commercial applications, for alternatives. Results: We found a good potential in saliva samples, viral inactivation and quick RNA extraction by heating; the use of an isothermal technology such as loop mediated isothermal amplification (LAMP) and naked eye test-result visualization by in-tube colorimetry or turbidity. Conclusions: Saliva samples with quick RNA extraction by heating and colorimetric LAMP are promising options for countries with economic and infrastructure limitations.

Resumen Introducción: La mayoría de los casos exitosos de mitigación y manejo de la pandemia de COVID-19 se han dado mediante pruebas basadas en la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (RT-qPCR por sus siglas en inglés). Sin embargo, muchas economías emergentes han tenido problemas con las demandas actuales de pruebas moleculares debido a limitaciones económicas, técnicas y tecnológicas. Objetivo: Definir un protocolo de diagnóstico potencial para aumentar la capacidad de prueba en las condiciones actuales y posteriores a la pandemia. Métodos: Revisamos la literatura, las patentes y las aplicaciones comerciales, en busca de alternativas. Resultados: Encontramos un buen potencial en muestras de saliva, inactivación viral y extracción rápida de ARN por calentamiento; el uso de una tecnología isotérmica como la amplificación isotérmica mediada por horquillas (LAMP, por sus siglas en inglés) y la visualización del resultado de la prueba a simple vista mediante colorimetría o turbidez en el tubo. Conclusiones: Las muestras de saliva con extracción rápida de ARN por calentamiento y LAMP colorimétrico son opciones prometedoras para países con limitaciones económicas y de infraestructura.

Validación clínica de la prueba RT-LAMP para el diagnóstico rápido del SARS-CoV-2 / Clinical validation of the isothermal RT-LAMP test for rapid diagnosis of SARS-CoV-2

Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. Objetivo. Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. Resultados. La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). Conclusiones. Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Introduction: Since the first report in Wuhan (China) in 2019, the SARS-CoV-2 virus has spread throughout the world, with a significant impact in public health. To contain its transmission, the WHO has encouraged the development of rapid, simple, sensitive and specific tests that complement qRT-PCR, as the gold standard. RT-LAMP has shown to be a good alternative to detect SARS-CoV-2 in different fluid samples. Objective: To validate the colorimetric RT-LAMP technique using two sets of primers targeting N gene of SARS-CoV-2 in 117 nasopharyngeal swab samples previously confirmed by RT-qPCR, using the Charité/Berlin protocol. Material and methods: A total of 153 nasopharyngeal swab samples from individuals with suspected COVID-19 were subjected to qRT-PCR and RT-LAMP using a commercial colorimetric kit (NEB, Germany). RT-LAMP was performed using both extracted RNA samples and raw samples without prior RNA extraction, and the result was assessed by a simple color change in the reaction. Results: Sensitivity and specificity for the previously reported RT-LAMP primers (Broughton set) targeting N gene of SARS-CoV-2 were 0.97 (0.85-1.00) and 0.81 (0.65-0.92) respectively, with CI95%. The Lalli primers targeting another region of the N gene used showed a sensitivity value of 0.96 (0.78-1.00) and a specificity of 0.77 (0.55-0.92). Without RNA extraction we found a sensitivity value of 0.95 (0.74, 1.00) and a specificity of 0.88 (0.64, 0.99). A sensitivity value of 0.95 (0.74-1.00) and a specificity 0.88 (0.64-0.99) were found without prior RNA extraction. Conclusion: Taking together, the results showed that RT-LAMP technique could be considered as a rapid diagnostic test, easy to perform, free of sophisticated equipment, sensitive and specific to diagnose SARS-CoV-2 in nasopharyngeal swabs with and without prior RNA extraction, allowing its implementation in places with scarce resources.

Amplificación directa de ADN de Bordetella pertussis purificado de hisopados nasofaríngeos por un método de bajo costo, rápido (60-segundos) y libre de equipos / Direct amplification of Bordetella pertussis DNA purified from nasopharyngeal swabs by a low-cost, fast (60-second), and equipment-free method

RESUMEN Objetivo. Desarrollar y evaluar un método de bajo costo basado en celulosa para la purificación rápida y amplificación directa de ADN de Bordetella pertussis de hisopados nasofaríngeos. Materiales y métodos. Se prepararon discos de celulosa y se evaluaron diferentes parámetros (buffers de lisis/lavado, número de discos y elución de ADN). El método se acopló a una amplificación directa por PCR en tiempo real (qPCR) y se estimó el rendimiento utilizando hisopados nasofaríngeos que fueron positivos (n=100) y negativos (n=50) para ADN B. pertussis por qPCR, comparado con el método basado en columnas de sílice. Se calculó el grado de concordancia, sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo (VPP) y valor predictivo negativo (VPN). Se evaluó la factibilidad del método rápido para ser acoplado a un ensayo colorimétrico de amplificación isotérmica mediada por lazo (LAMP). Resultados. El método rápido con un disco de celulosa y buffer de lisis y lavado conteniendo PVP-40 y Tween 20, respectivamente, mostró una mayor capacidad para purificar ADN amplificable de B. pertussis. El método tuvo una sensibilidad de 89,0% (IC95%, 80,2%-94,9%) y una especificidad de 98,5% (IC95%, 92,1%-100,0%), con un buen grado de concordancia (Kappa=0,867; IC95% 0,788 - 0,946), respecto al método referencial. Los VPP y VPN fueron 98,6% (IC95%, 92,7,2%-100,0%) y 88,2% (IC95%, 78,7%-94,4%), respectivamente. Se evidenció una amplificación exitosa por LAMP, y se obtuvieron resultados comparables con el método por columnas de sílice. Conclusión. El método desarrollado es simple, de bajo costo y libre de equipos para la obtención rápida (60 segundos) de ADN en el punto de atención, y puede ser implementado en diversas técnicas moleculares orientados al diagnóstico oportuno y al estudio epidemiológico de tos ferina.

ABSTRACT Objective. To develop and evaluate a low-cost cellulose-based method for rapid purification and direct amplification of Bordetella pertussis DNA from nasopharyngeal swabs. Materials and methods. We prepared cellulose discs and evaluated different parameters (lysis/wash buffers, number of discs and DNA elution). The method was coupled to a direct real-time PCR (qPCR) amplification and the performance was estimated using nasopharyngeal swabs that were positive (n=100) and negative (n=50) for B. pertussis DNA by qPCR, compared to the silica column-based method. We calculated sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) and the degree of agreement. The feasibility of the rapid method to be coupled to a loop-mediated isothermal amplification colorimetric assay (LAMP) was evaluated. Results. The rapid method, with a cellulose disk and lysis and wash buffer containing PVP-40 and Tween 20, respectively, showed a greater capacity to purify amplifiable DNA from B. pertussis. The method had a sensitivity of 89.0% (95%CI: 80.2%-94.9%) and a specificity of 98.5% (95%CI: 92.1%-100.0%), with a good degree of agreement (Kappa=0.867; 95%CI: 0.788 - 0.946), compared to the reference method. The PPV and NPV were 98.6% (95%CI: 92.7.2%-100.0%) and 88.2% (95%CI: 78.7%-94.4%), respectively. Successful amplification by LAMP was evident, and comparable results were obtained with the silica column method. Conclusion. The developed method is simple, low-cost and equipment-free for rapid (60 seconds) DNA collection at the point of care, and can be implemented in various molecular techniques aimed at the timely diagnosis and epidemiological study of pertussis.

GeneXpert como método de diagnóstico de la tuberculosis en Santiago de Cuba / GeneXpert as diagnostic method of tuberculosis in Santiago de Cuba

Introducción: La tuberculosis es un problema de salud en el mundo, por lo que se necesitan métodos como el GeneXpert para realizar un diagnóstico rápido y seguro. Objetivo: Determinar la precisión del GeneXpert como método para el diagnóstico de la tuberculosis en Santiago de Cuba en relación con los estudios tradicionales. Métodos: Se efectuó un estudio descriptivo y transversal desde diciembre de 2018 hasta igual mes de 2019 de 31 pacientes a quienes se les realizaron los 3 métodos para el diagnóstico de la tuberculosis. Se utilizaron variables, tales como edad, sexo, muestras estudiadas, positividad de los métodos utilizados, así como concordancia entre el GeneXpert y el cultivo mediante el índice de Kappa. Resultados: En la serie predominaron los pacientes mayores de 50 años (48,4 %), el sexo masculino (66,7 %) y el esputo como muestra más representativa (80,6 %); asimismo, el cultivo resultó positivo en 32,3 % y el GeneXpert en 22,6 %. En tanto, se diagnosticó tuberculosis en 11 pacientes y el índice de Kappa fue de 0,58. Conclusiones: La determinación de GeneXpert en el diagnóstico de la tuberculosis es precisa, dada su sensibilidad y especificidad altas en relación con los estudios tradicionales de esputo y cultivo, lo cual se confirmó por la elevada concordancia del índice de Kappa.

Introduction: Tuberculosis is a health problem worldwide, reason why methods as the GeneXpert are needed to carry out a quick and safe diagnosis. Objective: To determine the accuracy of GeneXpert as a method for the diagnosis of tuberculosis in Santiago de Cuba in connection with the traditional studies. Methods: A descriptive and cross-sectional study was carried out from December, 2018 to the same month in 2019 of 31 patients to whom the 3 methods for the diagnosis of tuberculosis were carried out. Some variables were used, such as age, sex, studied samples, positivity of the used methods, as well as consistency between the GeneXpert and the culture by means of the Kappa index. Results: In the series there was a prevalence of the patients over 50 years (48.4 %), male sex (66.7 %) and sputum as more representative sample (80.6 %); also, the culture was positive in 32.3 % and GeneXpert in 22.6 %. As long as, tuberculosis was diagnosed in 11 patients and the Kappa index was 0.58. Conclusions: The determination of GeneXpert in the diagnosis of tuberculosis is necessary, given its high sensibility and specificity in connection with the traditional studies of sputum and culture, which was confirmed due to the high consistency of the Kappa index.

Plataforma laboratorial para monitorear el SARS-CoV-2 basada en la vigilancia de influenza y otros virus respiratorios en Perú / Laboratory platform for monitoring SARS-CoV-2 based on surveillance of influenza and other respiratory viruses in Peru

RESUMEN En el Perú, la pandemia de la COVID-19 ha evidenciado la utilidad de tener un sistema de vigilancia laboratorial estructurado y en funcionamiento desde hace 22 años, basado en la vigilancia de influenza; inicialmente en modalidad de unidades centinela, y después fortaleciéndose e innovándose, con recursos propios y con apoyo externo, para generar información de calidad. Se han implementado avances biotecnológicos para la confirmación diagnóstica e incrementado las capacidades de la red nacional de laboratorios, manteniendo la eficiencia, considerando las diversas y complejas realidades de los niveles regionales, y superando dificultades de comunicación y articulación entre instituciones. Resulta necesario consolidar este sistema, con trabajo colaborativo y coordinado entre sus componentes, impulsando su eficacia y oportunidad y promoviendo la vigilancia genómica de nuevos virus y variantes, como actualmente ocurre con el SARS-CoV-2.

ABSTRACT In Peru, the COVID-19 pandemic demonstrated the usefulness of having a structured laboratory surveillance system that has been operational for 22 years, based on influenza surveillance; initially in the form of sentinel units, and later strengthened and innovated, with its own resources and with external support, to provide quality information. Biotechnological advances have been implemented for diagnostic confirmation and the capacity of the national laboratory network has been expanded, maintaining efficiency, considering the diverse and complex realities of each region, and overcoming difficulties regarding communication and articulation between institutions. It is necessary to consolidate this system, with collaborative and coordinated work between its components, boosting its effectiveness and timeliness and promoting genomic surveillance of new viruses and variants, as is currently the case with SARS-CoV-2.

Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) no diagnóstico complementar da toxoplasmose congênita: uma revisão bibliográfica / Polymerase Chain Reaction (PCR) in the complementary diagnosis of congenital toxoplasmosis: a bibliographic review

A toxoplasmose é uma doença de ampla distribuição geográfica, sendo um grave problema de saúde pública. A infecção primária durante a gravidez pode causar infecção congênita ao feto e gerar consequências graves. Neste contexto, a reação em cadeia da polimerase (PCR) é atualmente um dos métodos mais eficientes para investigação fetal em casos de suspeita de infecção. Portanto, o objetivo do presente estudo foi realizar uma revisão bibliográfica sobre a toxoplasmose congênita e seu diagnóstico molecular através da PCR. Para tanto, foram pesquisados artigos publicados no período de janeiro de 2010 a abril de 2021 em diferentes bases de dados usando os descritores "Reação em Cadeia da Polimerase", "Toxoplasma gondii" e "Toxoplasmose congênita". A partir da pesquisa, foi possível verificar que a combinação de métodos sorológicos com a realização da PCR, principalmente no líquido amniótico, constitui uma importante ferramenta para o diagnóstico antenatal e pós-natal da toxoplasmose congênita. Além disso, a PCR em tempo real parece não apresentar melhores resultados em comparação à PCR convencional. Não obstante, estudos voltados à padronização da técnica visando melhor sensibilidade são necessários, uma vez que o diagnóstico da toxoplasmose gestacional/congênita permite a implementação do tratamento a fim de minimizar as consequências da infecção ao neonato.

Toxoplasmosis is a disease of wide geographical distribution, being a serious public health concern. The primary infection during pregnancy may cause congenital infection of the infant and lead to serious consequences. In this context, the polymerase chain reaction (PCR) is currently one of the most efficient methods for fetal investigation in cases when infection is suspected. Therefore, the present study aimed to conduct a literature review on congenital toxoplasmosis and its molecular diagnosis by PCR. Thus, the research for papers published between January 2010 and April 2021 was conducted in different databases, using the terms "polymerase chain reaction", "Toxoplasma gondii" and "congenital toxoplasmosis". It was possible to verify that the combination of serological methods and PCR, mainly of the amniotic fluid, is a valuable tool the antenatal and post-natal diagnosis of congenital toxoplasmosis. Furthermore, real time PCR seems to have no better results in comparison to conventional PCR. Nevertheless, studies related to standardization of the technique aiming higher sensitivity are necessary since the diagnosis of gestational/congenital toxoplasmosis enables the treatment in order to minimize the consequences of the infection to the infant.

Implementación de un laboratorio de nivel de bioseguridad 2 para diagnóstico molecular de SARS-COV-2 en Puerto Iguazú, Misiones / Implementation of a biosafety level 2 laboratory for molecular diagnosis of SARS-COV-2 in Puerto Iguazú, Misiones

INTRODUCCIÓN: La pandemia de COVID-19 ha creado desafíos sin precedentes para los laboratorios de todo el mundo. Los gobiernos nacionales y subnacionales se vieron en la necesidad imperiosa de adaptar instituciones para la detección de SARS-CoV-2 en respuesta a la emergencia sanitaria declarada en 2020. Con el objetivo de aumentar la capacidad de diagnóstico en la provincia de Misiones, se implementó un laboratorio de diagnóstico de excelencia dentro del Instituto Misionero de Biodiversidad. Este artículo comparte los pasos realizados y los desafíos enfrentados, con el fin de que sirva de guía a otras instituciones. MÉTODOS: Las etapas para establecer el laboratorio fueron: adquisición de equipamientos/reactivos, adaptación/renovación del laboratorio, incorporación y capacitación del recurso humano, establecimiento de buenas prácticas y bioseguridad, selección de la metodología de extracción y detección, implementación de controles de calidad y habilitación. RESULTADOS: Desde su habilitación el Laboratorio de Análisis Integral procesó 1186 muestras biológicas de casos sospechosos de COVID-19 y se convirtió así en el segundo laboratorio de referencia provincial. DISCUSIÓN: La eficiente articulación entre el Instituto Misionero de Biodiversidad y el Ministerio de Salud de Misiones logró la rápida implementación de este laboratorio de alta complejidad en una región de importancia epidemiológica.

Tuberculose pulmonar causada pelo uso de infliximab em paciente com Doença de Crohn / Pulmonary tuberculosis caused by the use of infliximab in a patient with Crohn's Disease

A doença de Crohn é uma patologia caracterizada pela inflamação transmural do trato gastrointestinal, compondo o espectro das doenças inflamatórias intestinais. Nos casos mais graves, dispõe de tratamento com uso de agentes biológicos e imunomoduladores que podem à reativação ou exacerbação de doenças infecciosas preexistentes. Este relato de caso trata de uma paciente do sexo feminino de 24 anos, diagnosticada com Doença de Crohn há 10 anos, evoluindo com necessidade de tratamento com infliximab e, após período de menos de 1 ano, apresentou odinofagia progressiva, dor abdominal e diarreia, além de perda ponderal, sudorese noturna e febre diária. Tomografia computadorizada de tórax evidenciou árvore em brotamento, sendo confirmado diagnóstico de tuberculose pulmonar pelo Teste Rápido Molecular no escarro e provável tuberculose laríngea e intestinal.

Crohn's disease is a pathology characterized by transmural inflammation of the gastrointestinal tract, comprising the spectrum of Inflammatory Bowel Diseases. In the most severe cases, treatment using biological agents and immunomodulators may be available, which can lead to the reactivation or exacerbation of preexisting infectious diseases. This case report is about a 24-year-old female patient, diagnosed with Crohn's disease 10 years ago, evolving in need of treatment with Infliximab and, after a period of less than 1 year, she presented progressive odynophagia, abdominal pain and diarrhea, in addition to weight loss, night sweats and daily fever. Chest computer tomography showed a tree in bud, and the diagnosis of pulmonary tuberculosis was confirmed by the Rapid Molecular Test in the sputum and probable laryngeal and intestinal tuberculosis.

O impacto do GeneXpert® MTB/Rif na detecção da tuberculose e seu padrão espacial em Ribeirão Preto-SP / The impact of GeneXpert® MTB/Rif in the detection of tuberculosis and its spatial pattern in Ribeirão Preto-SP

INTRODUÇÃO: Em 2010 a OMS autorizou o uso do sistema GeneXpert® MTB/RIF para a realização do Teste Rápido Molecular para TB (TRM-TB). Objetivou-se-se analisar o impacto do GeneXpert® MTB/RIF na detecção da TB e da TB multidroga-resistente e seu padrão de distribuição espacial em Ribeirão Preto-SP. MÉTODOS: Estudo ecológico realizado em Ribeirão Preto-SP. A população do estudo foi composta de casos de TB notificados no Sistema de Controle de Pacientes com Tuberculose (TBWeb) no período de 2006 a 2017. A análise descritiva dos casos foi realizada por meio de estatística descritiva dos parâmetros quantitativos através do software IBM SPS Statistics versão 25. Para classificar a tendência temporal e observar o impacto da implementação do TRM-TB, foram utilizadas as metodologias Prais-Winsten e Série Temporal Interrompida (STI) através do software StataSE versão 14 e também a modelagem ARIMA com a finalidade de obter uma previsão da taxa de TB para os próximos anos através do software RStudio. Para identificar os padrões espaciais da doença no município foram empregadas as técnicas de estimador de densidade de Kernel, G e G* e varredura (puramente espacial, variação nas tendências temporais e espaço-temporal). RESULTADOS: A tendência temporal da TB apresentou decréscimo de 18,1%/ano e de 6,9%/ano para em crianças. O Distrito Norte apresentou decréscimo de 6,67%/ano e o distrito Leste crescimento de 17,5%/ano na incidência de TB. A TB resistente, após a implementação do TRM-TB, apresentou aumento de 0,6% por ano. Na maioria dos anos analisados, a cultura é solicitada para menos da metade dos casos de TB. Foi identificado um aumento no número de solicitações de TMR e estacionariedade nas solicitações de baciloscopia. A maior parte dos casos foi diagnóstica por meio de demanda ambulatorial. Com as análises espaciais utilizadas foi observado que os casos e os aglomerados não se formam de maneira aleatória no espaço, verificando-se que a TB é distribuída desigualmente no município. CONCLUSÃO: Apesar da TB resistente não ser um problema no cenário, o estudo evidenciou um crescimento na sua incidência, o que o coloca em estado de alerta. O uso da análise espacial possibilitou a identificação das áreas prioritárias, colocando-as em evidência para ações de vigilância em saúde. Ressalta-se a importância do uso de ferramentas de análise espacial na identificação de áreas que devem ser priorizadas para o controle da TB, sendo necessária maior atenção aos indivíduos que se enquadram no perfil indicado como "de risco" para a doença

INTRODUCTION: In 2010, the WHO authorized the use of the GeneXpert® MTB/RIF system to perform the Molecular Rapid Test for TB (TRM-TB). The objective was to analyze the impact of GeneXpert® MTB/RIF in the detection of TB and multidrug-resistant TB and its spatial distribution pattern in Ribeirão Preto-SP. METHODS: Ecological study carried out in Ribeirão Preto-SP. The study population consisted of TB cases reported in the Tuberculosis Patient Control System (TBWeb) from 2006 to 2017. Descriptive analysis of cases was performed using descriptive statistics of quantitative parameters through the IBM SPS Statistics software version 25. To classify the temporal trend and observe the impact of the TRM-TB implementation, the Prais-Winsten and Interrupted Time Series (STI) methodologies were used through the StataSE software version 14 and also the ARIMA modeling in order to obtain a prediction of the TB rate for the coming years through RStudio software. To identify the spatial patterns of the disease in the city, the techniques of Kernel density estimator, G and G* and scanning (purely spatial, variation in temporal and spatio-temporal trends) were used. RESULTS: The temporal trend of TB showed a decrease of 18.1%/year and of 6.9%/year for children. The Northern District showed a decrease of 6.67%/year and the East District a growth of 17.5%/year in the incidence of TB. Resistant TB, after the implementation of the TRM-TB, increased by 0.6% per year. In most of the years analyzed, culture is requested for less than half of TB cases. An increase in the number of RMT requests and stationarity in smear microscopy requests was identified. Most cases were diagnosed through outpatient demand. With the spatial analysis used, it was observed that cases and clusters do not form randomly in space, verifying that TB is unevenly distributed in the municipality. CONCLUSION: Although resistant TB is not a problem in the scenario, the study showed an increase in its incidence, which puts it on alert. The use of spatial analysis made it possible to identify priority areas, putting them in evidence for health surveillance actions. We emphasize the importance of using spatial analysis tools to identify areas that should be prioritized for TB control, requiring greater attention to individuals who fit the profile indicated as "at risk" for the disease

Caracterização molecular e fenotípica de Klebsiella spp. produtoras de NDM / Molecular and phenotypic characterization of Klebsiella spp. NDM producers

O perfil de resistência, que algumas das espécies do complexo Klebsiella pneumoniae podem expressar, representa uma grande ameaça à saúde humana, particularmente quando resistentes aos carbapenêmicos, que são amplamente utilizados no tratamento de infecções graves em pacientes hospitalizados. O principal mecanismo de resistência aos carbapenêmicos é a produção de carbapenemases, particularmente dos tipos KPC e NDM. Um dos compostos desenvolvidos para o tratamento de infecções causadas por cepas produtoras de KPC é a combinação ceftazidimaavibactam (CAZ-AVI), mas que não tem atividade inibitória sobre metalo-betalactamases, a exemplo das NDMs. Os objetivos deste trabalho foram determinar a frequência das espécies do complexo K. pneumoniae e da coprodução de KPC, avaliar a clonalidade dos isolados, a sensibilidade ao aztreonam-avibactam (ATM-AVI), o desempenho do disco de meropenem (MEM) com inibidores para detecção de coprodução de NDM e KPC e desenvolver um teste de triagem para prever a sensibilidade ao ATM-AVI. Um total de 113 isolados do complexo K. pneumoniae produtoras de NDM ou coprodutoras de NDM e KPC, provenientes da coleção de bactérias do Grupo Fleury, coletadas períodos pré e pós início do uso de CAZ-AVI no Brasil, foram utilizadas neste estudo. A identificação da espécie e a presença dos genes blaNDM e blaKPC foi confirmada por PCR multiplex. A clonalidade dos isolados foi avaliada por eletroforese em campos pulsados (PFGE) após clivagem com XbaI. A produção de carbapenemases foi confirmada utilizando-se o teste Blue Carba. O desempenho dos discos de meropenem e CAZ-AVI contendo um ou mais inibidores de carbapenemases foi comparado com o teste molecular. A pré-difusão combinada foi realizada pré-incubando-se o ágar não inoculado com disco de CAZ-AVI, e a seguir aplicando-se o inóculo bacteriano e um disco de ATM após remover o disco de CAZ-AVI. Após incubação, os halos foram aferidos e correlacionados com a concentração inibitória mínima para ATM-AVI. As CIMs para ATM e ATM-AVI foram determinadas segundo o EUCAST. A identificação das espécies por PCR evidenciou as seguintes frequências: K. pneumoniae 75,2% (n=85); K. quasipneumoniae 16,8% (n=19), e K. variicola 8% (n=9). Uma fração de 12,4% (n=14) dos isolados apresentaram os genes blaNDM e blaKPC e 87,6% (n=99) apenas blaNDM. A análise dos perfis de PFGE de K. pneumoniae evidenciou a presença de cinco grupos clonais predominantes. Isolados do principal grupo clonal Ap (n=15) foram detectados nas cidades de São Paulo e Porto Alegre durante todo o período analisado. O grupo clonal Lp foi detectado nas cidades de São Paulo e Recife em 2019. Os dois principais grupos clonais no período pré-CAZ-AVI continham maior número de isolados do que aqueles no período de uso do CAZ-AVI. Os perfis de PFGE de K. quasipneumoniae evidenciaram quatro grupos clonais predominantes, e presentes apenas no estado de São Paulo, com persistência do grupo clonal Aq desde 2017. Quanto à K. variicola, foram observados dois grupos clonais predominantes Av e Bv, o primeiro presente apenas em São Paulo desde 2018 e o segundo em Porto Alegre apenas em 2019. Calculando-se a diferença entre os diâmetros de halo do disco MEM contendo EDTA e ácido fenilborônico (AFB) e o maior dos halos obtidos para MEM com EDTA ou AFB, observou-se que todos os isolados com coexpressão de KPC e NDM apresentaram diferença ≥ 5 mm. Uma fração de 42,3% dos isolados positivos apenas para blaNDM apresentaram sensibilidade para ATM (CIM ≤ 4 mg/L). Todos os isolados testados apresentaram CIM para ATM-AVI ≤ 1/4 mg/L, sendo a CIM90 0,125/4 mg/l. No teste de pré-difusão combinada, o menor diâmetro de halo obtido foi de 23 mm. A espécie predominante na amostragem foi K. pneumoniae. A disseminação clonal, observada neste estudo, contrasta com a diversidade clonal descrita em outros locais do mundo para produtores de NDM, exceto Grécia e China. Considerando os pontos de corte atuais para ATM, é provável que haja resposta clínica adequada no uso de ATM-AVI no tratamento de infecções causadas por isolados produtores de NDM e coprodutores de KPC e NDM. Utilizando-se o valor de corte de ≤ 5 mm para a diferença entre halos de inibição, de MEM com AFB e EDTA e o segundo maior halo com inibidor, a sensibilidade foi de 100% e a especificidade foi de 96,1,0%. O método de pré-difusão com CAZ-AVI e ATM é um método simples e o diâmetro ≥ 23 mm tem excelente correlação com a CIM para ATM-AVI ≤ 1/4 mg/L

The resistance profile, which some species of the Klebsiella pneumoniae complex may express, represent a great threat to human health, particularly when resistant to carbapenems, which are widely used in the treatment of severe infections in hospitalized patients. The main mechanism of resistance to carbapenems is the production of carbapenemases, particularly KPCs and NDMs. One of the compounds developed for the treatment of infections caused by KPC-producing strains is the combination ceftazidime-avibactam (CAZ-AVI), but which has no inhibitory activity on metallobetalactamases, as is the case for NDMs. The objectives of this work were to determine the frequency of K. pneumoniae complex species and KPC co-production, evaluate the clonality of isolates, the susceptibility to aztreonam-avibactam (ATM-AVI), the performance of meropenem (MEM) disks with inhibitors for detecting NDM co-production and KPC and develop a screening test to predict sensitivity to ATM-AVI. A total of 113 NDM-producing or NDM and KPC co-producing K. pneumoniae complexes, from the Fleury Group's bacteria collection, collected in the pre- and post-starting periods of CAZ-AVI use in Brazil, were used in this study. Species identification and the presence of the blaNDM and blaKPC genes were confirmed by multiplex PCR. The clonality of the isolates was evaluated by pulsed field electrophoresis (PFGE) after cleavage with XbaI. Carbapenemase production was confirmed using the Blue Carba test. The performance of MEM and CAZ-AVI disks containing one or more carbapenemase inhibitors was compared with the molecular test. Combined pre-diffusion was performed by preincubating the uninoculated agar with a CAZ-AVI disk, and then applying the bacterial inoculum and na ATM disk after removal of the CAZ-AVI disk. After incubation, halos were measured and correlated with the minimum inhibitory concentration (MIC) for ATM-AVI. ATM and ATM-AVI MICs were determined according to EUCAST. The identification of species by PCR evidenced the following frequencies: K. pneumoniae 75.2% (n=85); K. quasipneumoniae 16.8% (n=19), and K. variicola 8% (n=9). A fraction of 12.4% (n=14) of the isolates had the blaNDM and blaKPC genes and 87.6% (n=99) had only blaNDM. The analysis of the PFGE profiles of K. pneumoniae evidenced the presence of five predominant clonal groups. Isolates from the main clonal group Ap (n=16) were detected in the cities of São Paulo and Porto Alegre throughout the analyzed period. The clonal group Lp was detected in the cities of São Paulo and Recife 2019. The PFGE profiles of K. quasipneumoniae showed four predominant clonal groups, present only in the state of São Paulo, with persistence of the clonal group Aq since 2017. As for K. variicola, two predominant clonal groups Av and Bv were observed, the first present only in São Paulo since 2018 and the second in Porto Alegre only in 2019. Calculating the difference between the inhibition zone diameters of the MEM disk containing EDTA and phenylboronic acid (AFB) and the largest of the inhibition zone diameters obtained for MEM with EDTA or AFB, it was observed that all isolates with co-expression of KPC and NDM showed a difference 5 ≥mm. A fraction of 42.3% of isolates positive only for blaNDM showed sensitivity to ATM (MIC ≤ 4 mg/L). All tested isolates presented MIC for ATM-AVI ≤ 1/4 mg/L, being the MIC90 0.125/4 mg/l. In the combined pre-diffusion test, the smallest inhibition zone diameter obtained was 23 mm. The predominant species in the sample was K. pneumoniae, but a significant fraction of the other species in the complex was also observed in the sample. The clonal spread observed in this study contrasts with the clonal diversity described elsewhere in the world for NDM-producing isolates, except Greece and China. Considering the current cut-off points for ATM, it is likely that there is an adequate clinical response in the use of ATM-AVI in infections caused by NDM-producing and KPC-NDM co-producing isolates in Brazil. Using the cutoff value of 5 mm for the difference between inhibition zones, of MEM with AFB and EDTA and the second largest zone of MEM with inhibitor, the sensitivity was 100% and the specificity was 96.1%. The pre-diffusion method with CAZ-AVI and ATM is a simple method and the diameter ≥ 23 mm has excellent correlation with the MIC for ATM-AVI ≤ 1/4 mg/L

Investigation of the parasitoid Ixodiphagus hookeri (Hymenoptera: Encyrtidae) in Amblyomma sculptum (Acari: Ixodidae) ticks in the municipality of Salto, São Paulo, Brazil

The presence of capybaras (Hydrochoerus hydrochaeris) in urban and periurban areas has caused increased numbers of cases of Brazilian spotted fever. With the aim of investigating the presence of the parasitoid Ixodiphagus hookeri in Amblyomma sculptum ticks in the municipality of Salto, state of São Paulo, samples were collected monthly from 14 sites. Thirty samples were placed in containers for observation of the emergence of microhymenopterans and 88 samples were subjected to molecular testing to identify the presence of I. hookeri DNA. Neither dissections nor observation of emergence indicated any presence of I. hookeri larvae in ticks. Samples subjected to polymerase chain reaction (PCR) amplification of the mCOX I region of I. hookeri did not reveal its presence, although fragments corresponding to mRNA 16S of Amblyomma sculptum ticks were amplified in all samples tested.